Muzeum spravuje stálé expozice v prostorách strakonického hradu a od roku 2008 také unikátní areál vodního mlýna v Hoslovicích, kde během sezony pořádá řemeslné akce s pečením chleba a ochutnávkou.
V současné době prochází strakonický hrad a muzeum rozsáhlou rekonstrukcí, v jejímž rámci budou vybudovány jedinečné expozice dud a dudáctví, historie textilní výroby, zbraní a motocyklů značky ČZ a Suverénního řádu maltézských rytířů.
Návštěvníci do té doby mohou navštívit prostory černé kuchyně, aktuální výstavy a vystoupat na vyhlídkovou věž Rumpál.